http://www.nicetool.net/▲ 寫的時候是879個工具，

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成稿的時候是886個，看來小目標不遠了測評工具雖遲但到。今天這個網站算是一個小集合，宣傳語為用完即走，觸手可及，意在說明它的簡便性與快捷性，功能雖然不是太強，

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但勝在五髒俱全，囊括了886個工具，功能涉及生活常用，教育學習，辦公輔助，圖片視頻，網絡工具，其中一些還透著濃濃的沙雕氣息：“是個字都能上” ── 姓名生成▲ 起名大師 Mr.Nicetools當代“N0****bel”廢話連篇文學中心 ── 文章生成器▲ 老板表示這種彩虹屁不要也罷“魔幻現實科幻鄉村主義” ── 數字雨▲ 不自覺地想要畫龍畫彩虹希望這次測評不要讓大家放棄這個網站（握拳）。網站的工具查找主要分為兩類：熱門工具和最新工具。各個類別首推如下：雖然我們認為工具在精不在多，但這個網站巨大的開放性為這個觀點打開了一點新視角，

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從多個小細節滲入也會讓人念念不忘。比如1. 像素掉落模擬元素版掃雷，有種在上魔藥課的感覺。開發者說這個工具既能讓你平心靜氣，還能順帶開發想象力（僅限兒童期…）。假如實驗又辜負了你，不要悲傷不要心急，暴躁的日子裡來一局自由的元素生長…**2. **圖片取色看paper的時候看到好看的圖，難免會想要參考著把“骨皮”都畫出來。框架需要學習（免費繪制高級圖：http://www.ehbio.com/ImageGP/），“皮相”卻只用上傳圖片就能知道上色選擇，可以一試。3. 照片換底色申請資料，登記照片，簡歷制作等等都需要照片，不同文件總會有要求不一的底色。一鍵切換證件照底色，從左到右的微調讓你看到全新的自己（白底白衣服的證件照慎用）。4. 文本轉思維導圖思路更流暢，頭腦風暴更順滑。5. Markdown 編輯器 ⊙ html轉markdown ⊙ markdown轉html熟悉Github的老師對markdown編輯格式一定不陌生，我們的課件（www.ehbio.com/Training）也是markdown的書寫格式，編寫簡單，可以一起展示文本圖片超鏈接和代碼，整體風格精悍簡練。nicetools功能很多，但是有一大部分都需要充值會員才能暢享，如果只對一個工具感興趣的話消費￥1就可以使用該工具一天。其中就包括有上面介紹的照片底色轉換和文本思維導圖。從我們樸實無華的介紹裡，各位肯定能看出來我們這是純分享，不帶任何發電元素，所以有興趣的話不妨點個在看，順便用文首的鏈接一探究竟）。NGS基礎 – 參考基因組和基因注釋文件同步滾動：關參考基因組和基因注釋文件獲取通常測序生成的reads要與參考基因組或參考轉錄組進行比對，

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或Pseudo-alignment。所以首先需要獲取參考基因組和參考轉錄組信息。Ensembl(http://www.ensembl.org/info/data/ftp/index.html)是常用的信息齊全的參考基因組和GTF文件下載網站。下圖列出了幾個常用動物物種的DNA序列和GTF格式的基因組注釋。Ensembl提供的參考基因組有2種組裝形式和3種重復序列處理方式錛 分別是primary錛 toplevel和unmasked (dna)、soft-masked (dna_sm)和masked (dna_rm)。一般選擇dna.primary或dna_sm.primary。為什麼選擇PrimaryPrimary assembly contains all toplevel sequence regions excluding haplotypes and patches. This file is **b****est used for performing sequence similarity searches **where patch and haplotype sequences would confuse analysis.為什麼不選擇maskedMasked基因組是指所有重復區和低復雜區被N代替的基因組序列，這樣比對時就不會有reads比對到這些區域。一般不推薦用masked的基因組，因為它造成了信息的丟失，由此帶來的一個問題是uniquely比對到masked基因組上的reads實際上可能不是unique的。而且masked基因組還會帶來比對錯誤，使得在允許錯配的情況下，本來來自重復區的reads比對到基因組的其它位置。另外檢測重復區和低復雜區的軟件不可能是完美的，這就造成遮蓋住的重復序列和低復雜區並不一定是100%準確和敏感的。soft-masked基因組是指把所有重復區和低復雜區的序列用小寫字母標出的基因組，

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由于主要的比對軟件，比如BWA、bowtie2等都忽略這些soft-mask，直接把小寫字母當做大寫字母比對，所以使用soft-masked基因組的比對效果和使用unmasked基因組的比對效果是相同的。基因注釋GTF文件在分析轉錄組數據時會用到，也從這獲取，

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GTF文件的解釋見文件格式部分。ENSEMBL的基因注釋文件與GeneCode（http://www.gencodegenes.org/）V26版本一致。ENSEMBL中基因組和GTF文件中染色體的名字都沒有添加chr，最好收到添加，以保持與UCSC或下遊操作一致。(本地安裝UCSC基因組瀏覽器)下載基因功能和結構注釋信息ENSEMBL數據庫的BioMart (http://www.ensembl.org/biomart/martview)工具為下載基因的功能信息、序列信息、結構信息、ID的轉換等提供了很大的便利。注意在BioMart的Attribute選項裡如果選擇了蛋白相關的選項，得到的結果中只有蛋白編碼基因的信息。如果要下載所有基因信息，請不要選擇蛋白相關的選項。具體使用如下，

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下載基因相關信息，首先選擇Ensembl Genes 89數據集以Human為例，

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選擇Human genes (GRCh38.p10)如果下載全部的基因信息，Filters部分可以略過不填。如果只想下載比如說某個GO通路的基因或給定列表的基因信息，可以在Filters中指定對應的GO ID。Attribute中包含基因的名字、位置、注釋、在不同數據庫中的名字、GO注釋、KEGG注釋、功能域信息等，按需選擇下載。選擇好後，

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點擊Results，獲取結果。Export al results to選擇存儲到文件中。如果特別大，而自己網速又比較慢，可以選擇通過郵件發送下載鏈接。也可以通過Biomart提取基因結構信息，比如5’ UTR、3’ UTR、外顯子、內含子的坐標等。Biomart下載很方便，但一個點擊也比較麻煩，可以看到截圖中存在XML按鈕，點擊打開看到選擇的下載信息都記錄在了這個文件中。使用wget -O result.txt 'http://www.ensembl.org/biomart/martservice?query= + XML中的內容 (調整為一行，並且行尾加一個單引號)即可反復使用。如果想換一個物種，只需修改對應的Dataset name即可。Linux命令系統學習見生信寶典文章集錦。，